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师资队伍
姓名:沈百荣性别:先生
学位:博士职称:教授
所在部门:系统生物学研究中心电子邮件:bairong.shen@suda.edu.cn
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1997年毕业(博士)于复旦大学化学系; 19995月任复旦大学化学系副教授;2000年在芬兰坦佩雷大学转向生物信息学研究; 20041月任芬兰坦佩雷大学生物信息学助理教授/副教授;2005年起任同济大学生命科学院生物信息学教授,博士生指导老师;2008年夏全职回国任苏州大学系统生物学中心特聘教授,主任,兼任苏州大学生命科学院生物信息学系主任。现兼任中国运筹学会计算系统生物学分会副理事长;中国生物化学与分子生物学会分子系统生物学专业委员会委员;中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会委员;国家面上基金和重大项目评审专家等。

 

研究领域

1.     高通量数据分析在癌症系统中的应用及疾病的生物网络标志物发现

2.     疾病相关的重要生物网络的系统生物学模拟

3.     microRNA的生物信息学研究

4.     疾病相关蛋白质变异数据库和蛋白质功能位点分析

 

科研项目

1.       前列腺癌相关生物模块和通路的数据库构建及其功能分析 (2012-2015, 国家自然科学基金面上项目)

2.       白血病相关生物网络模块和反应通路的数据库构建与功能分析(2012-2014,高等学校博士学科点专项科研基金)

3.       系统生物学专业研究生跨学科培养模式的实践与探索. (江苏省2009年度研究生教育教学改革研究与实践课题重点课题)

4.       前列腺癌诊断、分级和预后相关的生物分子网络的构建和数学模拟(国家自然科学基金重大计划培育项目)

5.       医疗信息集成融合技术与系统开发(十二五国家高技术研究计划<863计划>生物和医药技术领域数字化医疗工程技术 开发重大项目)

6.       组织干细胞的干性维持、分化控制和免疫调节研究 (973计划)

 

代表性科研成果

1.       Zhu F, Liu Q, Fu Y, Shen B. Segmentation of Neuronal Structures Using SARSA (λ)-Based Boundary Amendment with Reinforced Gradient-Descent Curve Shape Fitting. PLoS One. 2014 Mar 13;9(3):e90873.

2.       Chen J, Zhang D, Zhang W, Tang Y, Yan W, Guo L, Shen B. Clear cell renal cell carcinoma associated microRNA expression signatures identified by an integrated bioinformatics analysis. J Transl Med. 2013 Jul 10;11:169.

3.       Jiang J, Cui W, Vongsangnak W, Hu G, Shen B. Post genome-wide association studies functional characterization of prostate cancer risk loci. BMC Genomics. 2013;14 Suppl 8:S9.

4.       Zhang W, Zang J, Jing X, Sun Z, Yan W, Yang D, Shen B, Guo F. Identification of candidate miRNA biomarkers from miRNA regulatory network with application o prostate cancer. J Transl Med. 2014 Mar 11;12(1):66.

5.       Zhou J, Yan W, Hu G, Shen B. SVR_CAF: An integrated score function for detecting native protein structures among decoys. Proteins. 2014 Apr;82(4):556-64.

6.       Yang Y, Chen B, Tan G, Vihinen M, Shen B. Structure-based prediction of the effects of a missense variant on protein stability. Amino Acids. 2013 Mar;44(3):847-55.

7.       Li Y, Zhang Z, Liu F, Vongsangnak W, Jing Q, Shen B. Performance comparison and evaluation of software tools for microRNA deep-sequencing data analysis. Nucleic Acids Res. 2012 May;40(10):4298-305.

8.       Tang B, Wu X, Tan G, Chen SS, Jing Q, Shen B. Computational inference and analysis of genetic regulatory networks via a supervised combinatorial-optimization pattern. BMC Syst Biol. 2010 Sep 13;4 Suppl 2:S3.

http://www.researcherid.com/rid/E-6431-2012  

 

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